Als Landrabbiner kannte er die schlechte Schulsituation gerade in kleineren jüdischen Gemeinden. Mit der Gründung eines „Instituts für arme Juden-Kinder“ wollte er die Ausbildungsmöglichkeiten verbessern. Jacobson wählte Seesen, weil es innerhalb seines Landrabbinerbezirkes lag und weil er mit dem örtliche Gerichtsschultheißen Carl Friedrich Wilhelm Zincken befreundet war.

Nach der Gründung des „Instituts für arme Juden-Kinder“ im Juli 1801 verlieh der Seesener Magistrat Israel Jacobson als erstem Juden das Bürgerrecht. Am 24.2.1804 wurden Jacobson und seine Nachkommen „naturalisiert“, das heißt, sie erhielten die gleichen Rechte wie die christlichen Bürger des Herzogtums.

1806 starb Herzog Karl Wilhelm Ferdinand. Sein Nachfolger kämpfte mit Preußen gegen Frankreich. Nach Napoleons Sieg wurde er von Napoleon abgesetzt und sein Herzogtum dem neuen Königreich Westfalen eingegliedert. Jacobson wurde 1808 an den Hof König Jeromes von Westfalen nach Kassel berufen. Als Präsident des neugegründeten „ Konsistoriums der Israeliten des Königreiches Westfalen“, der staatlichen Aufsicht über die Religionsausübung, reformierte er die jüdischen Gemeinden und organisierte deren Schulwesen neu.

Nach den Siegen über  Napoleon und der Wiederherstellung der politischen Vorkriegsverhältnisse übersiedelte Jacobson 1814 nach Berlin. Er setzte dort seine Arbeit für das Bildungswesen und die Reformierung des jüdischen Glaubens fort.

Er verstarb in der Nacht vom 13. zum 14.9.1828